diff --git a/test/map/test-map.sh b/test/map/test-map.sh index a47b14e0aaf98acfee75b344f2a49c586c52665f..d9ecbaca890ad1c25b567b97b8c42a0c9cb26604 100644 --- a/test/map/test-map.sh +++ b/test/map/test-map.sh @@ -730,12 +730,63 @@ rm obs exp # Test that multiple columns are allowed with a # single operation ############################################################ -# -# TBD -# -#echo " map.t49...\c" -#../../bin/bedtools map -a ivls.bed -b values.bed -c 2 -o sum 2>&1 > /dev/null | head -3 > obs -#check obs exp -#rm obs exp +echo " map.t49...\c" +echo \ +"chr1 0 100 65 9 +chr1 100 200 1 7 +chr2 0 100 . . +chr2 100 200 . . +chr3 0 100 6 7 +chr3 100 200 8 23" > exp +../../bin/bedtools map -a ivls.bed -b values4.bed -c 5,7 -o sum > obs +check obs exp +rm obs exp + +########################################################### +# Test that multiple columns are allowed with an +# equal number of ops that aren't all the same +############################################################ +echo " map.t50...\c" +echo \ +"chr1 0 100 13.5 65 9 +chr1 100 200 120 1 7 +chr2 0 100 . . . +chr2 100 200 . . . +chr3 0 100 10 6 7 +chr3 100 200 120 8 23" > exp +../../bin/bedtools map -a ivls.bed -b values4.bed -c 2,5,7 -o mean,sum,sum > obs +check obs exp +rm obs exp + + +########################################################### +# Test stddev +############################################################ +echo " map.t51...\c" +echo \ +"chr1 0 100 12.9167 +chr1 100 200 0 +chr2 0 100 . +chr2 100 200 . +chr3 0 100 76.2222 +chr3 100 200 0.25" > exp +../../bin/bedtools map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o stddev > obs +check obs exp +rm obs exp + +########################################################### +# Test sample_stddev +############################################################ +echo " map.t52...\c" +echo \ +"chr1 0 100 15.5 +chr1 100 200 . +chr2 0 100 . +chr2 100 200 . +chr3 0 100 114.333 +chr3 100 200 0.5" > exp +../../bin/bedtools map -a ivls.bed -b values4.bed -c 7 -o sample_stddev > obs +check obs exp +rm obs exp