Add memory parameter to sortmerna. Fix #31

rules/Preprocessing/MT.rules

@@ -80,10 +80,10 @@ rule PREPROCESSING_MT_FILTER_RRNA:
         shell("""
         TMP_R12=$(mktemp --tmpdir={TMPDIR} -t "tmp_XXXXXX.R12")
         {config[sortmerna][scripts_path]}/merge-paired-reads.sh {input[0]} {input[1]} $TMP_R12.fq
-        sortmerna --ref {ref} --reads $TMP_R12.fq --fastx --aligned $TMP_R12.rrna --other $TMP_R12.rrna_filt -a {THREADS} --paired_in
+        sortmerna --ref {ref} --reads $TMP_R12.fq --fastx --aligned $TMP_R12.rrna --other $TMP_R12.rrna_filt -a {THREADS} --paired_in -m 517057
         {config[sortmerna][scripts_path]}/unmerge-paired-reads.sh $TMP_R12.rrna.fq {output[3]} {output[4]}
         {config[sortmerna][scripts_path]}/unmerge-paired-reads.sh $TMP_R12.rrna_filt.fq {output[0]} {output[1]}
-        sortmerna --ref {ref} --reads {input[2]} --fastx --aligned {P_OUT}/MT.SE.trimmed.rna --other {P_OUT}/MT.SE.trimmed.rna_filtered -a {THREADS}
+        sortmerna --ref {ref} --reads {input[2]} --fastx --aligned {P_OUT}/MT.SE.trimmed.rna --other {P_OUT}/MT.SE.trimmed.rna_filtered -a {THREADS} -m 517057
         rm $TMP_R12*
         """)